就在超人力霸王要喪命於宇宙怪獸貝姆拉的攻擊之際,瀕死的痛苦讓早田進發揮強烈的求生意志,因此完成與超人力霸王最完美的結合,超人力霸王忍住劇痛而舉起折斷的雙手,交叉兩手射出無敵的斯派修姆光線擊中怪獸貝姆拉,怪獸貝姆拉慘叫一聲,轟然爆炸而死亡。
早田進回到「科學特搜隊」繼續值勤,開始展開與超人力霸王共同守護地球的任務。
看似和平的宇宙,卻突然出現了一艘搭載20億3000萬巴爾坦星人的巨大戰艦,邪惡的巴爾坦星人由於巴爾坦星壽命將近,得知地球適合居住之後,便搭乘宇宙戰艦前來,準備佔領地球。
巴爾坦星人派出最強的戰士、宇宙忍者降臨地球,宇宙忍者的身高伸縮自如,可以縮小到一公釐,再長高到50公尺,體重則從1公克變化到5000公噸,外形類似螃蟹,不但具有隱形術及分身術,兩隻如同大剪刀的鉗手更發發射凍結光線限制對手的行動,破壞力強大,人類驚慌逃逸。
「科學特搜隊」急忙出動戰鬥機,以飛彈及雷射光對抗宇宙忍者,但是宇宙忍者行蹤飄忽,戰鬥機紛紛被牠擊落,「科學特搜隊」節節敗退,早田進見情形不對,便以變身器化身超人力霸王。
超人力霸王肌肉健壯,動作敏捷,大戰宇宙忍者,宇宙忍者雖然施展隱身術及分身術,均被超人力霸王的透視眼識破而失效,雙方展開激烈戰鬥,宇宙忍者忽大忽小,超人力霸王陷入苦戰。
超人力霸王一時不察,遭宇宙忍者的凍結光線擊中,竟然無法動彈,宇宙忍者於是殘忍地將超人利霸王的雙腳一節一節地用鉗子手夾斷,然後再把超人力霸王的雙手同樣一段一段地折掉,又以鉗子手戳破超人力霸王健美的胸膛與腹部,拉出超人力霸王的內臟,超人力霸王渾身鮮血直流,疼痛至極,卻無力反擊,只能苦苦硬撐。
可憐的早田進與超人力霸王的心靈及身軀相連,自然也承受著巨大的折磨而苦不堪言,慘叫到喉嚨都啞掉了。
宇宙忍者玩膩了,便用鉗子手掐住超人力霸王的脖子,打算捏斷超人力霸王的頭部,雪上加霜的是,超人力霸王變身的十分鐘時限即將到來,瀕死的超人力霸王要如何挽救頹勢,擊敗宇宙忍者,保衛地球呢?